大多数人认为野生动物种群不会近亲繁殖。因为在许多物种中，种群中的动物一旦接近性成熟，其中一个性别（或者两个性别）的动物就会被驱逐离开种群。
我们假设这种行为是为了避免近亲繁殖的遗传后果（不利的）而进化的。
然而，某些物种中，这种情况不会发生。
在广袤的非洲大草原上，有几个大型猫科动物的种群，近亲繁殖是这些种群遗传学里非常重要的一部分。
狮子
在狮群中，年轻的雄狮会被驱逐，而母狮却生活在狮群。被驱逐的雄狮与其他雄狮结成联盟，组成“单身团体”。
当狮群中的占统治地位的狮子被这些“单身团体”中的一个杀死或者驱逐离群之后，这头狮子的位置将被它的儿子取代。
即使狮群中有不止一个占主导地位的雄狮，这些雄狮之间通常有血缘关系。
考虑到以上这种情况，然后再结合狮群中的母狮通常是有血缘关系的这一事实，很明显，狮群中的这两条血线其实就是通过近亲繁殖而来。
两只同样占有主导地位的雄狮，很可能来自同一窝。
如果一只雄狮杀死了另外一个狮群中的雄狮，占据了主导地位，那么它随后就会跟他的侄女或堂兄妹交配。
接管狮群的新雄狮会立即杀死所有幼狮。
这样母狮就会开始发情，同样也可以保证新雄狮的基因得以跟母狮的基因结合，但是即使是这样，也不能排除新来的雄狮与狮群里的母狮有血亲关系。
也就是说，即使是这样，也不能保证百分之百是跨血系交配。
在一些狮子种群中，例如坦桑尼亚戈罗峡谷的狮子，我们通过基因研究知道在很久以前就出现了种群瓶颈。
住在峡谷里的狮子在地理上是孤立的。
新狮子很难穿过火山口来到这里，而现有的狮子也很难离开。
1962年，一场瘟疫削弱了整个狮群的活力，患病期间它们无法捕猎，数量从 70 多只下降到大约 10 只。
随后据估计有 7 只外来雄狮随后进入峡谷，但从那时起，狮子就被基因隔离了。
详细的基因研究显示，目前在峡谷里的 100 只狮子组成了 6 个狮群，而这些狮子都是 15 只祖先的后代。
近亲繁殖导致精子缺陷、繁殖率下降、免疫系统活力下降。
戈罗峡谷的狮子生动地展示了野生动物近亲繁殖的后果。
猎豹
对非洲猎豹的遗传研究表明，这些带斑点的大猫，遗传变异水平也很低。甚至生活在不同地区的猎豹也有相似的基因。
在过去，疾病或灾难可能会大幅减少猎豹数量，造成基因瓶颈。
而如今，所有的猎豹似乎都是某个幸存下来的家族后代，因此它们的基因是相似的。
理论上，它们缺乏遗传变异，这会使猎豹面临更大的传染病风险。
曾经有个研究小组对一个人工饲养的猎豹种群，做了长达 5 年的研究，这个种群爆发了传染性腹膜炎，有 90% 的猎豹都染病，其中 60% 的猎豹都死了。
活下来的猎豹都是免疫系统最强的。
在这种情况下，近亲繁殖可以“清除”一群负基因等位基因。
众所周知，猎豹几乎没有遗传疾病。
尽管如此，不少猎豹种群也正表露出进一步近亲繁殖的迹象。
剩下的种群被限制在越来越小的区域，比如野生动物保护区，它们在基因上已经相互隔离。
在一个群体中，下巴错位和尾巴扭结的频率越来越高。持续的近亲繁殖会加强或修复这些特征。
最终，它们会降低猎豹的捕猎效率——扭曲的尾巴会降低猎豹的敏捷性和转弯能力，错位的下颚可能无法抓住猎物。
这可能是近亲繁殖最糟糕的例子。
马恩岛猫和日本短尾猫
自然隔离和由此导致的近亲繁殖产生了某些品种猫。
最好的例子就是马恩岛猫和日本短尾猫。这两个品种都是在它们的种群被隔离在一个岛上时发展起来的。
导致无尾马恩岛的突变发生在爱尔兰海的马恩岛。
因为种群是孤立的，尽管无尾基因是有问题的，但是还是变得很普遍。
除了马恩岛上奇怪的”猫跳船”，几乎没有任何异交，近交的影响的直接反映就是单窝产仔数小于平均数。
持续近亲繁殖的最终结果是，随着基因库收缩、生育率下降、异常现象增加和死亡率上升，最终会活力丧失，最终有可能导致这个物种的灭绝。
而专业的繁育人会努力与无尾相关的死胎以及脊椎畸形。
同样地，日本短尾猫是在日本岛上发展出的一个品种。
当导致短尾猫的突变基因产生时，它会在猫群中传播。
因为短尾基因只影响尾椎骨的数量，因此它对健康和生殖没有什么负面影响。
苏格兰野猫
虽然近亲繁殖可能意味着一个物种的灭绝，但另一方面，过多的异交会导致某些特征的丧失，从而导致某个独特品种的丧失。
在苏格兰，苏格兰野猫与家猫交配。
随着家猫基因在苏格兰野猫基因库中的传播越来越广泛，苏格兰野猫这个品种很有可能灭绝。
目前这一品种真正意义上符合品种定义的猫只，大概只有 400 只。
这是异交如何导致物种走向灭绝的一个例子。
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